Οι δραστηριότητες του ΕΚΠΑΖ εκτείνονται:
Στην περίθαλψη των άγριων ζώων τα οποία βρίσκονται τραυματισμένα κι ανήμπορα να επιβιώσουν και επανένταξη στο φυσικό περιβάλλον όσων από αυτά μετά την θεραπεία που δέχονται, είναι υγιή και ικανά να επιβιώσουν. Τα ζώα απελευθερώνονται σε προεπιλεγμένα σημεία, σε κατάλληλους βιότοπους, με κατάλληλη σήμανση (σε συνεργασία με το Εθνικό Κέντρο Δακτυλίωσης Πτηνών), ώστε να παρακολουθείται η πορεία τους με χρήσιμα συμπεράσματα για την επανένταξή τους, οι μετακινήσεις πληθυσμών λόγω περιβαλλοντικής πίεσης, αλλά και η επιτήρηση του ξεσπάσματος επιδημιών. Η αποστολή δειγμάτων σε τακτικά διαστήματα για τον έλεγχο του ιού της γρίπης των πτηνών στην Δ/νση Κτηνιατρικής της αρμόδιας Περιφέρειας, αποτελεί έμπρακτη συνεργασία του Κέντρου μας με τις Κρατικές Αρχές για τον έλεγχο ζωοανθρωπονόσων.
Στην ενεργή δράση για την ελαχιστοποίηση των κινδύνων που απειλούν τα άγρια ζώα με την ανάπτυξη προληπτικής δράσης και προτάσεων προς τους φορείς δημόσιους και ιδιωτικούς.
Στην συλλογή στοιχείων για τους κινδύνους που απειλούν τα άγρια ζώα σε όλη την επικράτεια.
Στην αναπαραγωγή σε συνθήκες αιχμαλωσίας, μη απελευθερώσιμων πτηνών και ζώων, που ανήκουν σε προστατευόμενα ή και απειλούμενα είδη της Ελληνικής Πανίδας και απελευθέρωση των απογόνων σε κατάλληλους βιότοπους.
Το είδος Όρνιο (Gyps fulvus) μετά από μακρόχρονη παραμονή στους εξωτερικούς κλωβούς του Κέντρου, έχει δημιουργήσει 8 αναπαραγωγικά ζεύγη. Το ίδιο συμβαίνει και με το είδος Πελαργός (Ciconia ciconia), από το οποίο έχουν σχηματιστεί 9 άγρια αναπαραγωγικά ζευγάρια που φωλεοποιούν πάνω από τους εξωτερικούς κλωβούς και μάλιστα διαμένουν στις εγκαταστάσεις του Κέντρου όλο το χρόνο, αποτελώντας πλέον την νοτιότερη αποικία της Ανατολικής Ευρώπης. Νερόκοτες, Φοινικόπτερα, Πεπλόγλαυκες, Γερακίνες, Πρασινοκέφαλες Πάπιες και άλλα είδη έχουν παρόμοια δραστηριότητα.
Στην μέριμνα για την ευζωία των ζώων αυτών που η απελευθέρωσή τους δεν είναι εφικτή λόγω κάποιας ανικανότητας, όπως αυτή περιγράφεται στο άρθρο 2 , παρ. α, της με αριθμό 336107 Υπουργικής Απόφασης για τα κριτήρια αναγνώρισης των Κέντρων Περίθαλψης Ειδών της Άγριας Πανίδας, ΚΕ.Π.Ε.Α.Π., στις 25-2-2000, και περιλαμβάνει την ένταξη τους σε εξωτερικούς κλωβούς με άλλα άτομα του είδους τους. (Αυτό μας δίνει και τη δυνατότητα αναπαραγωγής, ανάλογα με το είδος και τη δημιουργία αποικιών επί τόπου, ή απελευθέρωση των απογόνων σε κατάλληλη ηλικία όπως αναφέρεται παραπάνω).
Στην προστασία απειλούμενων ειδών μέσω της ευαισθητοποίησης και ενημέρωσης της κοινής γνώμης και των αρμόδιων φορέων, υλοποιώντας την πολιτική της Πολιτείας για την προστασία των ειδών και των βιότοπών τους.
Στην γενικότερη ευαισθητοποίηση του κοινού με ευρεία ενημέρωση πάνω σε θέματα και προβλήματα την άγριας φύσης στην Ελλάδα. Οι εγκαταστάσεις του ΕΚΠΑΖ στην Αίγινα είναι ανοιχτές στο κοινό και γίνεται ξενάγηση στους χώρους του. Υποδέχεται καθημερινά ερευνητές, εκπαιδευτικούς και μαθητές όλων των βαθμίδων της εκπαίδευσης. Ετησίως χιλιάδες άτομα επισκέπτονται το Κέντρο. Στις απελευθερώσεις που πραγματοποιούνται αρκετές φορές κάθε χρόνο σε σημαντικούς βιότοπους σε όλη την Ελλάδα, προσκαλούνται και συμμετέχουν τα σχολεία, οι τοπικές πολιτιστικές και περιβαλλοντικές οργανώσεις καθώς και οι κάτοικοι της περιοχής. Παράλληλα οργανώνονται εκδηλώσεις, συζητήσεις και εκπαίδευση εθελοντών.
Το Κέντρο περιθάλπει από 1.500 έως 4.500 περιστατικά το χρόνο. Σ’ αυτά περιλαμβάνονται μέχρι σήμερα 370 από τα 448 συνολικά είδη της Ελληνικής Ορνιθοπανίδας, μεταξύ αυτών 35 είδη ημερόβιων αρπακτικών πτηνών από τα 39 της Ευρώπης, ανάμεσά τους και τα 10 είδη αετών της Ελλάδας . Αποτελεί έμπνευση και έργο ζωής του Γιάννη Πουλόπουλου (Γεωπόνος ΑΠΘ), ο οποίος ως Διαχειριστής του ΕΚΠΑΖ και των ζώων που περιθάλπονται σ’ αυτό, εργάζεται αφιλοκερδώς πέρα από καθιερωμένα 8ωρα και αργίες, επιβλέποντας ενεργά και σε συνεργασία με τους κτηνιάτρους και τους εθελοντές του Κέντρου, από τη νοσηλεία των ζώων και όλων των σταδίων της αποκατάστασης των ασθενών, μέχρι την απελευθέρωσή τους ή την προσαρμογή τους στους εξωτερικούς κλωβούς.
Το ΕΚΠΑΖ από το 2001 φιλοξενείται μόνιμα σε εγκαταστάσεις που δημιουργήθηκαν με Ευρωπαϊκό Πρόγραμμα γι αυτό το σκοπό από την τότε Νομαρχία Πειραιώς, σε έκταση 20 στρεμμάτων παραχωρημένη από την Αγία Μονή της Παναγίας Χρυσολεόντισσας, στην περιοχή Μετόχι Αίγινας.
Το 2003 το ΕΚΠΑΖ σε συνεργασία με το Υπουργείο Εξωτερικών, μέσω της Υπηρεσίας Διεθνούς Αναπτυξιακής Συνεργασίας (Hellenic Aid) υλοποίησε εντός 12μηνου την πρώτη φάση του προγράμματος Δημιουργίας Δικτύου και παροχής τεχνογνωσίας σε θέματα περίθαλψης αγρίων ζώων στις Χώρες της Μεσογείου.
Το Κέντρο έχει συνεργαστεί κατ’ επανάληψη στο παρελθόν με ζωολογικά πάρκα και εξειδικευμένα επιστημονικά Κέντρα του εξωτερικού, στην προσπάθεια να επαναπροωθήσει ζώα άγριας πανίδας άλλων χωρών που βρέθηκαν στην κατοχή του από κατασχέσεις, δραπετεύσεις, εγκατάλειψη ή παραχώρηση (κροκόδειλοι, πράσινες ιγκουάνες, πίθηκοι διαφόρων ειδών, κόατια, σκανκς κ.λπ.). Επίσης έχει συμβάλει με την εμπειρία και την τεχνογνωσία του στη δημιουργία αντίστοιχων Κέντρων περίθαλψης σε χώρες της Βαλκανικής όπως το GREEN BALKANS στη Βουλγαρία και του έχει ζητηθεί επανειλημμένως η συμβουλή του σε θέματα περίθαλψης αλλά και διατήρησης σε κατάλληλες συνθήκες για αναπαραγωγή, κυρίως σπάνιων και απειλούμενων ειδών Ορνιθοπανίδας, από άλλα Κέντρα περίθαλψης ή ζωολογικά πάρκα παγκοσμίως.