Βασικότερος σκοπός του ΕΚΠΑΖ είναι η περίθαλψη, θεραπεία και φροντίδα των αγρίων ζώων ώστε να καταστούν, ικανά να ζήσουν ξανά πίσω στη φύση. Αφού τελειώσει η θεραπεία τους, διατηρούνται για κάποιο χρονικό διάστημα σε ειδικά διαμορφωμένα κλουβιά ανάλογα με το είδος του ζώου ώστε να ξεσυνηθίσουν την ανθρώπινη παρουσία και να απεξαρτηθούν από αυτήν, να αγριέψουν ερχόμενα σε επαφή με άλλα ζώα του ίδιου ή συγγενικού είδους, μέχρι να έρθει η κατάλληλη εποχή απελευθέρωσης για το καθένα από αυτά.
Τα ζώα αυτά απελευθερώνονται σε κατάλληλους βιότοπους συνήθως στην ευρύτερη περιοχή όπου βρέθηκαν. Τα πουλιά μαρκάρονται (δακτυλιώνονται) ώστε να φέρουν μαζί τους μια ταυτότητα για την περίπτωση που επανεβρεθούν κάποια στιγμή, με σκοπό να μελετηθούν οι μετακινήσεις τους αλλά και η επιβίωσή τους.
Όσα ζώα ανήκουν σε απομονωμένους μεταξύ τους υποπληθυσμούς ή σε αναγνωρισμένα υποείδη, η απελευθέρωσή τους γίνεται ακριβώς στην περιοχή από την οποία προέρχονται. Επίσης, ενήλικα ζώα που ζούνε μονίμως σε μια συγκεκριμένη περιοχή όπως τα Τσακάλια, οι Σπιζαετοί κ.α., απελευθερώνονται στην επικράτεια της αγέλης τους ή του μόνιμου συντρόφου τους.
Τα νεαρά ζώα, τα νεογνά και οι νεοσσοί που βρίσκονται ορφανοί ή χαμένοι από τους γονείς τους, αφού μεγαλώσουν και δυναμώσουν μέχρι το στάδιο όπου αυτοεξυπηρετούνται, απελευθερώνονται σταδιακά σε ειδικούς κλωβούς ή τεχνητές φωλιές που στήνονται σε διάφορα μέρη στην επικράτεια, κοντά σε κατάλληλους γι αυτά βιότοπους, ώστε να τους δοθεί χρόνος για να προσαρμοστούν στις δύσκολες συνθήκες της άγριας ζωής, να μάθουν να βρίσκουν μόνα την τροφή τους και να συμπεριφέρονται φυσιολογικά, σαν όλα τα άτομα του είδους τους.
Τα εξωτικά ζώα προς την ελληνική φύση δεν απελευθερώνονται. Πολλά από αυτά στέλνονται στο εξωτερικό, σε εξειδικευμένα καταφύγια εξωτικών αγρίων ζώων (κροκόδειλοι, πίθηκοι, φίδια κ.α.) ενώ κάποια άλλα διατηρούνται μόνιμα στις εγκαταστάσεις μας.
